蓝绿藻传感器是利用蓝藻在光谱中有吸收峰和发射峰这一特性，在蓝藻的光谱吸收峰发射单色光照射到水中，水中的蓝藻吸收单色光的能量，释放出另外一种波长发射峰的单色光，蓝藻发射的光强与水中蓝藻的含量成正比。该传感器安装简单使用方便。通过荧光分析法来监测蓝绿藻的含量。该方法直接检测蓝绿藻细胞中特定色素的荧光物质，以确定相对的藻类毒素。